Halák bol 271. celková voľba Montrealu vo vstupnom drafte NHL v roku 2003. Počas sezóny 2006/07 bol v AHL dlhodobo najlepším brankárom a bol aj prvým brankárom v Zápase hviezd AHL.

Dňa 18. 2. 2007 si odkrútil premiéru v NHL. Vychytal víťazstvo 3:2 proti Columbusu, ktorý bol v zápase aktívnejším tímom. Sezónu dokončil v prvom tíme a po návrate jednotky Sebastiena Hueta nebol poslaný späť na „farmu“. Stal sa prvým brankárom histórie Canadiens, ktorý vyhral každý zo svojich prvých 8 zápasov v domácom prostredí.

V sezóne 2009/2010 vychytal Montrealu postup do play-off, kde sa tím hlavne vďaka nemu dostal až do finále Východnej konferencie. 17. júna 2010 však bol vymenený do St. Louis. V roku 2012 sa stal držiteľom Jenningsovej trofeje. V St. Louis pôsobil do 28. februára 2014, kedy bol vymenený do Buffala. Zaň nechytal ani v jednom zápase a už 5. marca bol vymenený do Washingtonu. Po sezóne získali jeho práva Islanders, s ktorými sa dohodol na štvorročnej zmluve.

Halák sa 15. januára 2015 stal prvým slovenským brankárom histórie, ktorý si zachytal v Západe hviezd NHL. Nahradzoval v ňom zraneného Pekku Rinneho z Nashvillu. V tretej tretine exhibície zastavil šesť z desiatich striel.

1. júla 2018 podpísal dvojročnú zmluvu s Bostonom. V roku 2020 ju o rok predĺžil a následne sa dohodol na ročnom kontrakte s Vancouverom. V lete 2022 podpísal ročný kontrakt s Rangers.